尽管前期广佛区域水环境整治工作取得一定成效，但近两年来部分河段水质污染有一定反弹，引发各界关注。而且广佛跨界区域水污染也被列入今年省十大挂牌督办环保问题，包括珠江西航道、前航道，石井河和流溪河在内的多条河流水质变成劣五类。据东莞环保专家介绍目前广佛河涌治理存在下列几问题：
1、产业结构和布局不合理是流域污染的源头。经调查，该区域内经工商审批的企业超过1.1万家，其中广州7357家、佛山3880家，工业废水排放量超过60万吨/日。部分区域工业企业主要以金属冶炼、线路板、服装、纺织、食品等劳动密集型产业为主，还存在皮革加工、印染等重污染行业。
2、污水处理设施建设滞后，畜禽养殖和面源污染严重，也是流域污染的重要原因。由于投入不足，历史欠账多，污水处理厂及配套管网等环境基础设施不能满足污染治理的需要。区域内存有大量的畜禽养殖业，养殖废水未经有效处理直接排入鱼塘或周边水。3、背后重要的一个问题，则是责任界定不清，以水口水道为例，上游是广州，中游为佛山，下游又为广州。内部人士告知，水环境自然属性的显著特征是流动性和跨行政区界性，广州方面做好了自己的治理也并未能见效，若受到污染，没有查明污染源容易互相推诿。因此，必须按照“谁污染谁治理”原则，要求广佛两地“守土有责”。
      尽管难题重重，但佛山市水务部门相关负责人也向记者提及，两地在水浮莲的处理上就沟通得很不错。佛山地区水务部门告知，去年两地就水浮莲问题开过专门的协调会议，广州地区同意派人支援佛山的打捞工作，而佛山也同意将南海区码头借出。可惜的是，并非所有问题都能像水浮莲一样取得进展。
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