由于制药行业原料及工艺的多样性，排放的废水水质千差万别，具体选择那种治理技术路线取决于废水的性质。制药废水浓度高、色度深、可生化性较差的特点,应考虑结合预处理、后处理、物化生物法，同时考虑回收利用的经济效益。当然,制药废水的根本治理还要清洁生产的基础,以达到经济效益和环境效益。
       制药废水的处理方法可归纳为以下几种：物化处理、化学处理、生化处理以及多种方法的组合处理等，各种处理方法具有各自的优势及不足。制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前必须进行必要的预处理。一般应设调节池，调节水质水量和pH，且根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理工序，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。
       预处理后的废水，可根据其水质特征选取某种厌氧和好氧工艺进行处理，若出水要求较高，好氧处理工艺后还需继续进行后处理。具体工艺的选择应综合考虑废水的性质、工艺的处理效果、基建投资及运行维护等因素，做到技术可行，经济合理。总的工艺路线为预处理－厌氧－好氧－（后处理）组合工艺。如陈明辉等采用水解吸附—接触氧化—过滤组合工艺处理含人工胰岛素等的综合制药废水，处理后出水水质优于GB8978－1996的一级标准。气浮－水解－接触氧化工艺处理化学制药废水、复合微氧水解－复合好氧－砂滤工艺处理抗生素废水、气浮－UBF－CASS工艺处理高浓度中药提取废水等都取得了较好的处理效果。
       目前，开发经济、有效的复合水处理单元是亟待解决的问题。同时，应加强清洁生产研究，并在处理前期考虑废水是否有回收利用的价值和适当的途径，以达到经济效益和环境效益。
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