近年来，我国农村污染越来越严重，小河流污染日趋加重，水生物数量急剧下降，生态服务功能逐渐退化。东莞环保介绍农村小河污染一般来自生活污水、垃圾、工业污染、畜禽养殖污染、农业生产面源污染等，整治农村小河污染，实现农村可持续发展，必须对症下药，从下列几方面做起。
1、加强宣传，充分提高群众和有关部门对农村小河流环境治理的认识。农村小河流暴露出诸多问题，但最重要的还是对农村小河流的重要性认识不足。政府必须引起高度重视，正视农村小河流存在的问题，并迅速采取必要的整治措施。要通过电视、广播、报纸、网络等各种媒体进行广泛宣传，让大家都关注河流，并参与河流保护与防治。
2、调整农业产业结构，减少农业面源污染。要突出抓好小河流流域内农业结构调整，转变农业生产方式。压缩传统种植业，在丘陵、旱地重点发展以干式施肥为主的林果种植，做好测土配方施肥，大力推广平衡施肥、精量施肥技术。鼓励施用有机肥，减少化肥农药施用量，从源头上减少污染量。要充分发挥河岸带植被的减污作用。
3、积极引导，着力解决好点源污染。各级政府要积极引导农村污染防治工作，着力解决好农村生活垃圾、污水和畜禽养殖污染问题。在农村生活垃圾处置方面，要形成户分类、村集中、乡镇转运、县处理的规范化处置和管理模式，提高垃圾无害化处理水平。在畜禽养殖集中的村庄，要建设畜禽养殖废弃物综合利用和废水达标排放环境基础设施，对牲畜粪便可采用自然堆积发酵工艺生产粪肥，或者采用高温好氧堆肥工艺生产有机肥的方式进行无害化处理，提高畜禽粪便的综合利用率。应用循环经济理念，促进集约化畜禽养殖和生态农业种养平衡区域一体化发展。
4、做好工业企业的污染防治工作。加强对农村工业企业和小作坊废水排放的监管，督促其完善相关环保设施建设，做到废水达标排放。有条件的地方要逐步建立工业园区，促进乡镇工业企业进园，加强工业园区内的污水集中处置，强化对工业园区污水处理的监管。