继工业污染治理之后，农业污染治理逐步成为中国环境治理中的重要议题。特别是近年来，我国农业污染越来越严峻，总体上不容乐观，污染种类多、分布广，防治难度大,各种类型污染在不同地区差异较大。因此，必须坚持把农业资源保护和农业生产发展统筹起来，同时要把外源污染和内源污染的防控结合起来。还要形成一种合力，就是协同社会各界，整合各种资源，来进行防控。总体来讲，是要形成一个涉及到农业面源污染源头、过程、末端这样一个全链条、全过程、全要素的整体系统的解决方案。具体来讲，还是要根据各种污染类型，采取有针对性的措施： 
1、加强农业标准化生产。加强和规范农业生产，逐步形成标准化，大力推广测土配方施肥技术，增施有机肥，合理使用化肥；大力推广绿色植保、控害减药技术，推广使用高效、安全、低毒农药及生物农药。
2、加强农业污染行政执法。环保及农业行政主管部门要依据有关法律法规，加强农业行政执法力度。对造成农业污染严重的企业要限期整改，使其达到环保要求，不按要求整改的要坚决依法关闭。对那些生产、销售、使用高毒、高残留等违禁农药的要依法打击。加强农
产品安全检测，建立市场准入机制，对有毒物质残留超标的农产品，一律不得进入市场销售。加强检疫，严格控制有害生物和有毒农产品的传播。
3、加强宣传教育，提高全社会对农业污染治理的认识。据东莞环保公司相关人士了解到目前，地方政府和有关部门对农村环境保护意识比较淡薄，存在重城市、轻农村，重工业、轻农业的现象。同时广大农民不合理使用农业投入品的现象还比较普遍，从而加剧了农业环境污染和资源破坏。要充分运用
各类媒体以及会议、咨询、送科技下乡等方式，广泛宣传农业污染的危害性，提高农民的环保意识。开展农业环保的在职教育和岗位培训，增强县乡（镇）领导的环保意识，并将农业环保纳入干部考核指标体系。
4、控制畜禽养殖，推广生态养殖。大力发展生态农业、有机农业，建立绿色食品基地和有机食品基地。鼓励农民进行“一建三改”（建沼气池，改厨、改灶、改厕），变“三废”（畜禽粪便、农作物秸秆、生活垃圾和废水）为“三料”（肥料、饲料、燃料），大力推广
“畜—沼—田”模式，使畜禽粪便等废物得到综合利用，实现畜禽粪便的无害化和资源化。此外，落实以奖促治、以奖代补政策，推进农村环境的综合整治。